조사단의 중요한 활동 중 하나는 독도에 우리 땅임을 표시한 시설물을 설치하는 것이었다. 1947년 1차 조사단은 독도의 동도에 ‘조선 경상북도 울릉군 남면 독도(朝鮮慶尙北道鬱陵郡南面獨島)’, ‘울릉도학술조사대 독도 탐사기념(鬱陵島學術調査隊獨島探査紀念)’이라고 쓰인 두 개의 표목을 세웠다.

1952년 2차 조사단은 한글, 한자, 영어로 독도의 명칭이 새겨진 영토표석을 설치하고자 했으나, 폭격사건으로 독도에 입도하지 못하고 표석은 울릉도에 보관했다.

1953년 독도 입도에 성공한 3차 조사단은 일본이 설치한 표목을 제거하고, 1952년 설치하지 못했던 표석을 독도조난어민위령비 근처에 설치했다.